淀粉顆粒具有結晶性結構。顆粒的一部分具有結晶性結構，分子間具有規律性排列。另一部分為無定形結構，分子間排列雜亂，沒有規律性。
淀粉分子具有眾多的羥基，親水性很強，但淀粉顆粒球不溶于水，這是因為羥基之間通過清廉結合的緣故。顆粒中水分也參與氫鏈的結合。
淀粉顆粒具有滲透性，水和水溶液能自由滲入顆粒內部。淀粉與稀碘溶液接觸很快便藍色，表明點溶液和塊滲入顆粒內部與其中鏈淀粉起反應呈現藍色，藍色的淀粉顆粒在于硫代硫酸鈉溶液相遇時，藍色有同樣很快消失，表明溶液很快滲入顆粒內部。起了反應。這種快速的顏色變化表明，淀粉顆粒具有很高滲透性。工業上采用化學方法生產變性淀粉便是利用顆粒的滲透性，水起到載體作用。預糊化淀粉顆粒內部有結合無定形區域，后者具有較高的滲透性，化學反應主要發生在此區域。
